Препарат целесообразно использовать, если нужно обеззаразить аквариумную воду и лишить среду от таких паразитов, как хилодонелл, ихтиофтириусов, а также грибков ахли и сапролегния.
С помощью Метиленового синего можно улучшить тканевое дыхание рыбок и после кислородного голодания, например, когда рыбки долго перевозятся.